ترمینال پروازهای داخلی دارای مساحت 9500 مترمربع است. ترمینال پروازهای بین المللی دارای مساحت 4000 متر مربع است. ترمینال شماره یک جهت پروازهای خروجی و ترمینال شماره دو جهت پروازهای ورودی به صورت مجزا هستند.
مظفری در جلسه شورای اداری با اشاره به نصب روزشمار بر روی پروژه عظیم ترمینال جدید فرودگاه جزیره از مدیران شرکت بنادر و فرودگاه‌های کیش خواست تا با جدیت انجام امور این پروژه عظیم عمرانی جزیره را سرعت ببخشند.
