این کلیسای یکی از کلیساهای ارامنه کاتولیک است و نام آن از اسم یکی از حواریون حضرت عیسی (ع) به نام یوحنا که ارامنه به آن هوانس می گویند، گرفته شده است. 

قدمت بنای این کلیسا را به قرن ۵ و ۶ میلادی نسبت دادند ولی بنای اصلی بارها بر اثر ویرانی تجدید بنا شده است. قدمت بنای فعلی که توسط معماران روسی و فرانسوی و استادکاران آذربایجانی ساخته شده، به سال ۱۸۴۰ میلادی می رسد. گنبد بنا طرح آجرکاری داره که از مهمترین کارهای دوران قاجاریه محسوب می‌شود. 

این اثر در تاریخ ۱ فروردین ۱۳۴۷ با شمارهٔ ثبت ۷۶۶ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.